从国家海洋局东海分局了解到，我国沿海地区一年四季都有发生赤潮的可能性，但多数发生在比较温暖的季节，冬季仅在南海、东海发现。

据国家海洋局东海分局局长张有份介绍，由于我国地理位置的纬度跨度很大，赤潮在各海区发生的时间略有差异，其特点是南海海区以3月至5月份最为多见，东海海区则主要发生在５月至７月份。因此，赤潮在我国沿海的发生时间具有从南往北推迟的现象。另外，我国沿海赤潮频发区多为江河口海区和沿岸、内湾地区，因而发生次数也呈现出由南向北递减的区域分布特征。其主要分布如下：

南海：珠江口、深圳湾、大鹏湾、香港近海、海南岛、北部湾、三门列岛等。

东海：厦门附近海域、福建闽东海域、福建泉州湾附近、长江口外海域、温州以东海域等。

黄海：苏北沿岸、青岛胶州湾及湾外沙子口海域、大连湾、大连至东沟海域等。

渤海：黄河口外、河北黄骅附近、秦皇岛附近、天津大沽口附近、芷锚湾海域、渤海西南部、辽河口、营口鲅鱼圈附近等。